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LCSB s'associe à SciCrunch pour promouvoir une recherche reproductible

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Publié le jeudi 03 décembre 2020

Dans le cadre d'une large initiative visant à garantir la qualité et la reproductibilité des résultats scientifiques, le Luxembourg Centre for Systems Biomedicine (LCSB) de l'Université du Luxembourg s'associe à SciCrunch Inc. Le LCSB sera l'un des premiers instituts de recherche à utiliser SciScore - un outil de validation automatisé des articles scientifiques - dans le cadre de son contrôle de qualité interne. Ce dernier contribuera à renforcer la rigueur et la reproductibilité des articles rédigés par les chercheurs du LCSB.

La recherche scientifique est régulièrement confrontée à de nouveaux défis. Face au volume croissant de données, à la complexité des nouveaux outils et au rythme rapide de la science moderne, il est indispensable de garantir que les expériences puissent être répétées et les résultats validés. Au cours des dernières années, la communauté scientifique a ainsi reconnu la nécessité de travailler sur cette problématique de la reproductibilité afin de garantir la confiance dans la littérature publiée et une bonne utilisation des ressources.

Le LCSB a très vite identifié l’importance de ce sujet et mis en œuvre des mesures pour promouvoir la qualité de la recherche. Regroupés au sein de l'initiative Recherche Responsable et Reproductible (R3), ces mesures comprennent l’utilisation d’infrastructures informatiques de pointe, une gestion des données conforme au RGPD et des outils de programmation adaptés.

« Un accent particulier a été mis sur la standardisation de la procédure de publication, qui sera désormais complétée par une vérification en amont de la soumission à une revue scientifique », détaille le Dr Christophe Trefois, responsable de l'équipe R3.

Cette étape interne permettra d’assurer la conformité et la qualité de tous les manuscrits rédigés au LCSB, grâce à une série de contrôles notamment sur le plagiat, la protection des données et la qualité du code source. SciScore, qui se concentre sur différents critères de rigueur, sera l'un des principaux composants de cette procédure prépublication.

« Une partie des travaux de recherche récents ne peuvent pas être reproduits en raison d’erreurs dans les références, de difficultés à identifier les sources et d’autres obstacles similaires », explique Anita Bandrowski, fondatrice et PDG de SciCrunch, la société qui a développé SciScore. « Notre dispositif permet de signaler ces problèmes avant que les articles n’intègrent la littérature scientifique. »

Cet outil de validation automatisé vérifie différents critères de rigueur dans les manuscrits ainsi que les ressources mentionnées. En parcourant la section méthodes d'un article grâce à des algorithmes – on parle de « text mining » – SciScore détecte si les auteurs ont pris en compte des paramètres tels que les biais expérimentaux, la taille de l'échantillon, les protocoles en double aveugle avec répartition aléatoire, etc. Il analyse également les phrases qui mentionnent les ressources utilisées au cours de l’étude – comme des anticorps ou des logiciels spécifiques – et détermine si chaque ressource possède un identifiant unique. SciScore effectue cette analyse en environ une minute, génère un score permettant d’évaluer la part de critères remplis et fournit un rapport qui aidera à améliorer la rigueur et la reproductibilité de l’article.

« Une fois partie intégrante de la procédure prépublication, cet outil permettra aux auteurs du LCSB de mieux préparer leurs manuscrits pour l'évaluation par les comités de lectures des revues scientifiques », souligne Christophe Trefois. SciScore parcourra d'abord une base de données contenant tous les articles précédemment publiés au LCSB, donnant ainsi un bon aperçu de ce qui peut être amélioré en matière de reproductibilité et de transparence. « Ensuite, lorsque la procédure prépublication sera complètement mise en place, nos scientifiques pourront évaluer leurs nouveaux manuscrits rapidement et avec précision. » En indiquant immédiatement si quelque chose a été omis, SciScore donnera la possibilité aux auteurs de développer des bonnes pratiques en matière de rédaction, d’effectuer directement les changements nécessaires et de gagner du temps pour d’autres activités.

« La grande majorité de la communauté scientifique reconnaît l’importance d’aller vers une recherche plus reproductible et de nombreuses institutions développent des stratégies dans ce sens, mais les solutions concrètes manquent encore », détaille le Prof. Rudi Balling, directeur du LCSB. « Nous en avons fait une priorité au LCSB et nous sommes très heureux d'être le premier centre de recherche à ajouter SciScore à sa boîte à outils pour promouvoir la qualité, la transparence et la reproductibilité de la science. »